V roce 1989 začalo v údolí Kašmíru ozbrojené povstání proti indické správě. Muslimské politické strany si stěžovaly, že volby do zákonodárného shromáždění státu Džammú a Kašmír, které se konaly roku 1987, byly zmanipulovány v jejich neprospěch, a vytvořily militantní křídla. Některé skupiny požadovaly pro stát Džammú a Kašmír nezávislost, jiné unii s Pákistánem.

Pákistán poskytl tomuto hnutí "morální a diplomatickou" podporu a vyzval, aby byla tato otázka řešena referendem pod záštitou OSN.

Indická vláda však tvrdila, že pákistánská podpora spočívá ve výcviku a dodávkách zbraní militantním separatistům, a opakovaně žádala, aby Pákistán skoncoval s "přeshraničním terorismem".

V 90. letech se vynořilo několik nových militantních skupin, z nichž většina zastává radikální islámské názory. Ideologický důraz hnutí se posunul od nacionalismu a sekularismu k islamismu.

Částečně to bylo způsobeno i tím, že do údolí Kašmíru přišel velký počet islámských bojovníků džihádu - Svaté války - kteří v 80. letech bojovali v Afghánistánu proti Sovětskému svazu.