V květnu 1999 Indie poprvé za téměř 30 let zahájila letecké údery proti jednotkám podporovaným Pákistánem, které pronikly do hor severně od Kargílu v Indií spravovaném Kašmíru.

Boje hrozily přerůst v přímý konflikt mezi oběma státy a Pákistán odpověděl uvedením své armády do nejvyšší pohotovosti.

Indie opakovaně tvrdila, že operací se zúčastnily pákistánské oddíly lehké pěchoty, které mají základny v severních oblastech pod správou Pákistánu. Islámábád to však vytrvale popíral.

Podle pákistánského výkladu šlo o "bojovníky za svobodu", kteří bojovali za osvobození státu Džammú a Kašmír.

Ve vrcholné fázi konfliktu byly denně odpalovány tisíce granátů a Indie podnikala stovky náletů. Červený kříž oznámil, že na pákistánské straně linie kontroly bylo nejméně 30 tisíc lidí přinuceno uprchnout ze svých domovů.

Zpravodajové hlásili přibližně 20 tisíc uprchlíků na indické straně. Obě strany si dělaly nárok na vítězství v konfliktu, který skončil poté, co pákistánský premiér Nawáz Šaríf na nátlak Spojených států vyzval jednotky proniknuvší za linii kontroly, aby se stáhly.

V říjnu 1999 provedl generál Parvíz Mušaráf vojenský převrat v Pákistánu a sesadil zvoleného premiéra Nawáze Šarífa. Převzetí moci generálem Mušaráfem bylo později stvrzeno Nejvyšším soudem Pákistánu na období tří let.

Mezinárodní společenství nicméně převrat odsoudilo a vyzvalo nové pákistánské vedení, aby vypsalo volby a okamžitě znovu nastolilo civilní vládu. Pákistánu bylo rovněž pozastaveno členství v Commonwealthu.